Задайте вопрос по теории эволюции

[Виталич]

[Pustovetov]

Пишу, без оговорки:
11 разных транскриптов кодируют протеин, следовательно 11 разных белков, кодируемых 11 разными транскриптами.

Я же советовал Вам лечь поспать. Но Вы не вняли моему совету и продолжили писать чепуху...
11 разных транскриптов кодируют не протеин, а протеинЫ. 5 разных белков.

Несколько из 11 белков могут кодировать один и тот же составной белок Pax6/изоформу. Естественно.

И вновь от Вас маразм. Где Вы нашли 11 белков? Как белки могут "кодировать составной белок"? Как давно Pax6 стал "составным"?

11 разных белков (Protein coding).

Только почему то столбец где есть 11 разного называется в Вашей таблице "Transcript ID". А там где "Protein" только 5 разных изоформ.

Транскрипт у всех разный (нажмите по ссылке, прокрутите донизу), поэтому и число нуклеотидов у всех кодируемых белков разное:

Что значит "число нуклеотидов у всех кодируемых белков разное"? Белок Pax6 между прочим состоит из аминокислот, а не нуклеотидов. Вот правильная и более полная таблица
Pax6-002 − 2559 нукл. - 422aa - P63015 - 422 (каноничный Pax6) "Variants...encode the same protein..."
Pax6-011 − 3069 нукл. - 422aa
Pax6-009 − 2370 нукл. - 422aa
Pax6-012 − 3116 нукл. - 422aa
Pax6-001 − 2601 нукл. - 436aa - P63015-2 - 436 (Pax6-5a) "Variants ... encode the same protein (isoform 1, also known as 5a)"
Pax6-008 − 2779 нукл. - 436aa
Pax6-201 − 2814 нукл. - 436aa
Pax6-013 − 2869 нукл. - 436aa
Pax6-015 − 528 нукл. - 17aa - V9GXI6 - 17
Pax6-004 − 4427 нукл. - 254aa - A2A412 - 254
Pax6-017 − 1635 нукл. - 139aa - A2A409 - 139
Cтолбцы - Name, bp, Protein, ссылка на базу белков, число аминокислот

Разные нуклеотидные наборы кодируют разные аминокислотные наборы (белки).

Вспоминайте школьную программу - генетический код, вырожденный, избыточный. Так что даже на уровне просто кода разными наборами нуклеотидов можно легко закодировать одинаковый белок. А тут у нас уже транскрипты. В которых есть нетранслируемые области 5' и 3', которые могут отличаться, но белок получится одинаковым. К примеру Pax6-002 от Pax6-012 отличаются тем что у первого 5' - 150bp, а у второго - 710bp... но белок получается ровно одинаковый.
Мораль, учите матчасть, вдумчивее разбирайте собственные таблицы и не отвечайте предварительно хорошо не выспавшись.

Поскольку есть код, контролирующий 11 детерминированных вариантов. Не будь Кода Сплайсинга, применились бы все 1600 вариантов.

А в реальности без кода альтернативного сплайсинга будет работать обычный сплайсинг и синтезироваться каноничный Pax6.

Ученые о нём уже 7 лет как знают, а до вас только сейчас дошла информация.

Нет мы пока о нем ничего не знаем. Ждем получения Вами Нобелевки за открытие. Только боюсь что ожидание затянется...

[Ystyrgar]

Коротко замечу:"не плюйте в колодец...". Продолжение, думаю, знаете.

[Ystyrgar]

Хочу отметить в рассуждениях Нагарджуны важнейший момент, перечеркивающий всю его логическую цепочку:"Такие речи неизвестны людям" - подводил он итог. Вместе с тем человеческое миропонимание отнюдь не универсальная и далеко не самая надежная точка опоры. Поэтому ничего нельзя утвеждать абсолютно. Для вышеизложенного утвеждения нужны доводы, позволяющие выйти за границы привычных аналитических схем, а таковых он не представляет.

[Ystyrgar]

Мне думается, верующий человек в первую очередь должен начинать с себя и только по достижении определенных результатов имеет право указывать и поучать других. А с Вашей стороны, baptist2016, это выглядит неубедительно, наивно и искусствено, уж извините!

[Веснушка]

Скажите пожалуйста кто что думает про случайность мутаций?
И про естественную генетическую инженерию Шапиро?

[Полковник]

Скажите пожалуйста кто что думает про случайность мутаций?
И про естественную генетическую инженерию Шапиро?

А поконкретней?

.

[Веснушка]

А поконкретней?

.

Еще конкретней?
Есть некто Д. Шапиро профессор чикагского университета, он предложил термин "естественная генетическая инженерия", чтобы объяснить, как новизна создается в ходе биологической эволюции.
James A. Shapiro
Суть в том, что полезные мутации НЕ являются случайными, ДНК, по-видимому, предназначена для изменения, чтобы адаптироваться к воздействию окружающей среды.
А раз неслучайные...

также на эту тему имеются исследования:
Are mutations truly random? | The Scientist Magazine(R)

Evolution is Not Random (At Least, Not Totally)

Predictable Evolution Trumps Randomness of Mutations - Scientific American

Естественно кое-кто поднял все это на щит, аргументируя этим разумный дизайн и все прочее.

Вот мне и хочется узнать мнение прогрессивной общественности...

[Полковник]

Еще конкретней?
Есть некто Д. Шапиро профессор чикагского университета, он предложил термин "естественная генетическая инженерия", чтобы объяснить, как новизна создается в ходе биологической эволюции.
James A. Shapiro
Суть в том, что полезные мутации НЕ являются случайными, ДНК, по-видимому, предназначена для изменения, чтобы адаптироваться к воздействию окружающей среды.
А раз неслучайные...

также на эту тему имеются исследования:
Are mutations truly random? | The Scientist Magazine(R)

Evolution is Not Random (At Least, Not Totally)

Predictable Evolution Trumps Randomness of Mutations - Scientific American

Естественно кое-кто поднял все это на щит, аргументируя этим разумный дизайн и все прочее.

Вот мне и хочется узнать мнение прогрессивной общественности...

Понятно.

Я думаю, что тебе надо ознакомиться с основами синергетики, всё-же... и из кибернетики что-нибудь почитать.

Если коротко, то дело мне представляется так:
Клетка, это безусловно вполне себе автоматическая диссипативная система с целой кучей обратных связей.
Поэтому, лично я, не вижу ничего удивительного в том, что на мутации ДНК влияет внешняя среда.
Даже не бродя по ссылкам, могу накидать примерную схему такого воздействия:
- внешний фактор
- нестабильность работы системы
- выработка компенсационного действия, оно-же мутагенный фактор
- мутация при репликации

То есть ничего такого ужасного тут нет - это просто приспособление системы к изменившимся условиям. Вот и всё.
Конечно, никакого т.н. "разумного дизайнера" тут и не нужно вовсе, а вполне достаточно уже известных нам законов природы.

.

[Pustovetov]

Еще конкретней?
Есть некто Д. Шапиро профессор чикагского университета, он предложил термин "естественная генетическая инженерия", чтобы объяснить, как новизна создается в ходе биологической эволюции.

Да, есть системы "естественной генетической инженерии", которые очень активно используются в ходе биологической эволюции. Самый простейшие примеры - наше половое размножение и его кроссинговер; обмен генетическим материалом между бактериями в ходе более простого бактериального полового процесса; модный сейчас CRISPR/Cas9; размножение мобильных генетических элементов и ретровирусов; борьба организма с мобильными элементами, например с помощью белков семейства APOBEC и т.п. и т.д.
Но одновременно с этим заявлять, как это делает Шапиро, что "The first tenet of classical Darwinian evolution is now refuted. Beneficial mutations are NOT random, DNA seems to be DESIGNED to change in order to adapt to environment pressure.", мягко говоря странно.

также на эту тему имеются исследования:

Особенно забавно что в конкретных исследованиях нет ничего про "НЕ случайные", а только про то, что вероятность случайной мутации в некоторых случаях и в конкретном месте увеличивается.

p.s. Небольшой оффтопик... Было подсчитано максимальное соотношение функциональное/"мусор" в нашем геноме.