Задайте вопрос по теории эволюции

[Саша O]

Саша как обычно сморозил глупость

Я так и понял

То есть вы не согласны что что то поняли?

[Pustovetov]

В интронах код 5'(GU) до 3'(AG) отрезка не содержит набора инструкций о типе и последовательности альтернативного соединения отрезков, поскольку

А зачем Вы это пишете? Вам надо было как-то подтвердить свое утверждение - "альтернативный сплайсинг, в котором интроны играют последнюю роль." Как все что Вы написали Вашу мысль подтверждает?

Более того, помимо 5 известных моделей, есть ещё 2 вида «альтернативного сплайсинга» (альтернативного полиаденилирования)

а) Вы случайно не путаете альтернативный сплайсинг и альтернативное полиаденилирование?; б) Да хоть 22... Указания где можно выполнить это самое альтернативное полиаденилирование вместе с альтернативным сплайсингом содержатся в гене, в данном случае Pax6.

Это где так написано? процитируйте.

Прямо такого там действительно нет. Это уже спекуляции на основании знания что такое OCT4 и его взаимной работы с конкретной изоформой Pax6 из этой статьи.

Теперь что касательно вашего совета ниже, сходить на базу генов.

И как? Сходили? Узнали что действительно содержится в интронах Pax6 и почему там нет ничего подобного "На деле никакого мусора в Pax6, для родного ему ДНК, нет. В одном случае актуальна одна часть его кода, а в другом другая, в зависимости от изоформы белка"? Да нет... Вы вместо этого выдаете очередной набор странностей. Например - "11 альтернативно сплайсированных белков, на основе 1 матрицы Pax6." А в реальности 5 альтернативно сплайсированных белков. И - "Нажав на кнопку [Show transcript table], вы заметите, что многие из 11 белков имеют ещё и свои изоформы.", быстрее все же нажав на кнопку [show transcript table] мы увидим все те же 5 потенциально получаемых белков и все те же мусорные варианты транскриптов.

То есть, речь идет уже о десятках факторах, управляющих альтернативным сплайсингом. О какой одной команде вы говорите?

Даже если все транскрипты имеют смысл (а не как обычно являются мусором), то для кодирования 27 вариантов с запасом достаточно 5 бит (читай факторов).

Касательно строения белка в мухе, по матрице РНК мыши: своей философии я пока не нашел экспериментального подтверждения, а вы своей нашли?

О чем я пишу содержится в любом современном учебнике молекулярной генетики. А вот Ваши фантазии про "Код Сплайсинга" который чудом делает из Pax6 мыши ey мухи являются очередными фантазиями в ряду "Pax6 у мухи полностью идентичен мышиному", "Pax6 имеет информацию о всех генах развития мушиной сетчатки" и т.п. Чтобы в этом убедиться достаточно посмотреть на таблицу транскриптов Pax6 и попробовать найти среди них хоть одну изоформу ey.

Ваши слова, банально, противоречат Википедии

Мои слова ничем не противоречат Википедии.

Вопрос не в том, что Код Сплайсинга распознал регулирующую программу Pax6, правильно её экспрессировав. Вопрос в том, насколько изящно он это сделал.

"Код Сплайсинга" никакие "регулирующие программы", в том числе и Pax6, никак и никогда не распознает. Все что нужно от "Кода Сплайсинга" это распознать сайты связывания. А где они будут, в "регулирующей программе Pax6" или просто в мусоре его совсем не волнует.

Для меня тут всё ясно. Pax6 млекопитающего идеально связался со специфичными участками ДНК, совершенно неизвестной ему генной сети насекомого. Генная сеть мухи, как и специфические участки её транскриптов, могли быть известны «центру управления» мыши лишь по одной разумной причине: универсальной детерминированности одноименных программ (генов) для универсальной операционной системы разных редакций (Кода Сплайсинга), хорошо работающей как с программами мухи, так актинии и человека, потому что написаны одним Программистом.

То что сайты связывания факторов транскрипции Pax6 и ey гомологичны ровно как и то, что они выполняют одинаковую роль объясняется ортологичностью генов Pax/ey т.е. тем что у мухи и мыши был общий предок. А вот это - "универсальной детерминированности одноименных программ (генов) для универсальной операционной системы разных редакций" является обычной глупостью. Если бы был действительно какой-то "Программист" то для него довольно странно, хотя и возможно, старательно делать одинаковые сайты связывания для одинаковых факторов транскрипции у мухи и мыши, причем этих факторов и сайтов можно разных придумать немереные триллионы. Есть такая штука как "бритва Оккама" и родство организмов это самое простое объяснение, а ленивый Всемогущий Программист - самое сложное.

Вы выстроились по этому генетическому алгоритму.

Если бы Вы не выстроились по "этому генетическому алгоритму", то Вы бы были сейчас мертвы.

Почему? попробуйте. Могу вам поискать драйвера на цитоплазму, чтобы видеть текущее состояния программы.

Потому что подобные манипуляции пока нам не доступны по технологическим причинам.

Очевидно, что в организме заложены лучшие когда либо изобретенные регуляторные химические и стехиометрические механизмы, прекрасно работающие до поры, пока человек в роду тяжко не согрешит, испортив свой код до 3 и 4 колена. Отчасти поэтому перед венчанием исповедуются и причащаются, дабы дети не родились с генетическими отклонениями, переданными от родителей. Это проверенный тысячелетиями, оставленный Богом способ борьбы с родовыми болезнями.
Как с этим борются атеисты, понятия не имею. Вероятно болеют, потом винят во всем Бога, хотя Исповедь с Причастием Бог ни у кого не отнимал, более того, жизнь Свою отдал, чтобы все этими Таинствами пользовались.

Забавный способ бороться с генетическими заболеваниями. И как успехи? Поделитесь популяционной статистикой частот вредных аллелей в зависимости от Исповеди и Причастия? Вот то что, например, в христианских странах из-за этого Причастия, алкоголь употребляют чаще мусульман, действительно может оказать влияние на частоты мутаций. Догадайтесь в какую сторону.

Никаких проблем. Вы объясните макроэволюцию синтеза разных белков с одного гена в разный период онтогенеза.

Если никаких проблем, то что еще нужно для объяснения эволюции синтеза разных белков с одного гена?

Не просто слышал, а проводил прямые эксперименты (на рыбках и котах), доказав это в рамках таксонов с уникальным строением хромосом и уникальным набором генов, − по родам, как сотворил Господь.

WOW! Рассказывайте про свои прямые эксперименты на котах про частоты мутаций в интронах vs экзоны.

Прямой эксперимент

в 2016 году зафиксировал, что интроны защищают эукариотические геномы от генетической нестабильности, цитирую Molecular Cell:

В начале было очередное Ваше странное утверждение что "На деле никакого мусора в Pax6, для родного ему ДНК, нет. В одном случае актуальна одна часть его кода, а в другом другая, в зависимости от изоформы белка". А потом зачем-то Вы приводите факт того, что мусор в интронах мешает образовываться R-петлям и это защищает ДНК от мутаций. Вы хорошо подумали? Поясню немного, что такое R-петли - это когда РНК гибридизируется с одной цепочкой ДНК, а вторая ДНК остается "висеть" одинокая (и как следствие у нее увеличивается риск повреждений). Интроны вырезаются и выкидываются в мусорку, в результате у зрелой мРНК уменьшается сходство с геном и как следствие вероятность образования гибрида ДНК/РНК.

Pustovetov, когда прошу сослаться на прямой эксперимент, не пытаюсь выпендриться, − мне вправду интересно откуда вы черпаете эту эзотерику?

Научные знания черпаются из рецензируемых научных изданий. Конкретнее в начале было показано что рибозимы могут самостоятельно собирать белки
"Peptide bond formation by in vitro selected ribozymes. Biliang Zhang & Thomas R. Cech." Nature. 1997 Nov 6;390
"Peptidyl-transferase ribozymes: trans reactions, structural characterization and ribosomal RNA-like features. Biliang Zhang &Thomas R.Cech" Chemistry & Biology Volume 5, Issue 10, October 1998
Потом была "разобрана" рибосома и было продемонстрировано что ее можно редуцировать до аналогичного рибозима.
Научпоп тут.
"A hierarchical model for evolution of 23S ribosomal RNA. Konstantin Bokov & Sergey V. Steinberg" Nature 457 (халявный pdf тут)
"Evolution of the ribosome at atomic resolution. Anton S. Petrov et al.," PNAS vol. 111 no. 28
"History of the ribosome and the origin of translation. Anton S. Petrov et al.," PNAS vol. 112 no. 50
"A vestige of a prebiotic bonding machine is functioning within the contemporary ribosome. M. Krupkin et al" Phil. Trans. R. Soc. B (2011)
"Ribosomal History Reveals Origins of Modern Protein Synthesis" Ajith Harish, Gustavo Caetano-Anollés" PLOS One March 12, 2012
и т.п.

[Лучиан]

Вот собственно Вам и пример того как у Святых Отцов далеко НЕ всегда "по принципиальным вопрос всегда и во все времена было единое мнение". А далее что происходит вполне очевидно, как писал поэт по этому поводу - "Кум докушал огурец, и докончил с мукою: "Оказался наш Отец не Отцом, а сукою." Особенно примечательно что в результате политических византийских чудес часто несколько витков проходило по алгоритму Отец->сукаеретик->Отец->еретик пока наконец-то все как-то не успокаивалось, но не всегда.

Какой Святой Отец канонизированный Римской Православной Церковью до 1054 года, учил не так, как постановил один из Вселенских или равновселенских Поместных соборов, до 1054 года?
Не философствуя, на языке прямых экспериментов канонического права.

И иногда получались такие обломы как с римской кафедрой, которая так и осталась первой среди равных и самая большая по численности ветвь христианства, а греки деградировали "до мышей".

«Argumentum ad populum (лат. аргумент к народу; обращение к большинству) это логическая ошибка, основанная на мнении, что, если нечто популярно, оно является верным».
Википедия. Argumentum ad populum.

Подтверждаем теологически:
«Не бойся, малое стадо! ибо Отец ваш благоволил дать вам Царство.» (От Луки 12:32)

Большинство, как таковое, имеет смысл только в контексте соборов епископов «то мы, собравшись, единодушно рассудили...» «Ибо угодно Святому Духу и нам» (Деяния 15:25, 28), и только до 1971 года, если говорить о Московском Патриархате:
«Когда на Поместном Соборе в июне 1971 года митрополита Крутицкого и Коломенского Пимена избрали Патриархом то ли Патриарх Александрийский Николай IV, то ли легендарный Президент Кипра архиепископ Макарий сказал (через переводчика):
- Это ваш последний Собор и последний православный Патриарх, берегите его, любите, молитесь за него, чтобы у вас как можно дольше был, больше Православных патриархов у вас не будет».
Книга: Схиархимандрит Христофор, с. 78.

«Батюшка Николай Рагозин говорил, что Пимен последний православный патриарх. Что в дальнейшем патриархи и священноначалие будут благословлять принимать антихристовы начертания. Несмотря на это, батюшка благословлял до последнего ходить в храмы, пока не изменят Символ Веры, перестанут петь «Отче Наш», изменят печать на просфорах и уберут с престола дарохранительницу».
«Соль Земли» (Фильм 1), протоиерей Николай Рагозин, 0:56.

«Как бы ни было трудно, нельзя уходить из канонической церкви Московского Патриархата. Нужно здесь бороться, здесь воевать, здесь стоять не на жизнь, а насмерть, не принимать никаких номеров. Это будет очень страшный номер, молитесь, чтобы не дожить».
«Соль Земли» (Фильм 4), архимандрит Таврион, 3:34.

Забавна и непосредственная причина самого большого раскола - в Южной Италии приходы стали переходить под Рим, что чисто географически наверно логично, в отместку патриарх разгромил католические приходы в Константинополе и понеслось. Т.е. непосредственная причина тупо дележ бабла. Конечно были более серьезные политические причины, Рим ослаб под варварами, а патриарх во всю смещал и назначал Императоров и наверняка тяготился первенством папы. и т.п.

Политика (концентрированная экономика), в экклезиологическом смысле, не имеет никакого отношения к Церкви, как к литургической общине (мистическому организму).
Вы можете вспомнить всё, начиная от крестовых походов, заканчивая сжиганием старообрядцев, но это не будет иметь отношения к Церкви, потому что ни один из тысячи канонов Церковь этому не учит.

Человек (или группа людей), согрешив, автоматически отпадает от Церкви, после чего ему/им нужно раскаяться (искренно) → исповедаться (понеся епитимью) → причаститься. Формально Господнему телу никто не причащается, даже Патриарх.

Когда человек пытается уличить Церковь в нечистоте, он просто показывает свое незнание теологии, экклезиологии в частности.
«чтобы представить ее Себе славною Церковью, не имеющею пятна, или порока, или чего-либо подобного, но дабы она была свята и непорочна.» (К Ефесянам 5:27)

Убийство гр. Н. Романова никак не могло быть "цареубийством" потому что оный гражданин был тогда уже пенсионером, а не царем.

Это где такому Церковь учит?
Согласно православному катехизису, Таинство Миропомазания обратимо только в одном случае:
«Во-вторых, силою Святого Духа мы [на]столько делаемся твердыми, крепкими, что духовный враг не может нанести никакого вреда душе нашей. Сие таинство не повторяется, разве для тех, которые, отвергнувшись имени Христова, опять обращаются».
Cв. Петр (Могила), митрополит Киевский. «Православное исповедание Кафолической и Апостольской Церкви Восточной», Вопрос 105, с. 69.

На вопрос: почему Царей миропомазуют дважды? отвечаю словами митрополита Московского и Коломенского Сергия (Ляпидевскийого), который обратился к Николаю II, со словами:
«Благочестивый государь! Настоящее твое шествие, соединенное с необыкновенным великолепием, имеет цель необычной важности. Ты вступаешь в это древнее святилище, чтобы возложить здесь на себя царский венец и восприять священное миропомазание. Твой прародительский венец принадлежит тебе единому, как царю единодержавному, но миропомазания сподобляются все православные христиане, и оно не повторяемо. Если же предлежит тебе восприять новых впечатлений этого таинства, то сему причина та, что как нет выше, так нет и труднее на земле царской власти, нет бремени тяжелее царского служения. Чрез помазание видимое да подастся тебе невидимая сила, свыше действующая, к возвышению твоих царских доблестей озаряющая твою самодержавную деятельность ко благу и счастью твоих верных подданных».




Валентин Серов. Миропомазание Николая II в Успенском соборе (1897)


P.S.
Святой Николай II Александрович не отрекся от Христа, даже в момент, когда его и его семью пытали под сводами Ипатьевского подвала, протыкая ритуальными ножами (трехконечные такие).
От трона, да, он отрекся формально, делая всё возможное, чтобы умолить Бога не наказывать русский народ, который за него не заступился. Не отрекись Царь от трона, каждый русский человек, предавший действующего Царя, подпал бы под всенародную соборную клятву от 1613 года, и автоматически шел бы по смерти в ад.

Этот виток несчастий православных народов действительно начался с цареубийства, с убийства Александра I Обреновича в 1903 году. Но тут есть небольшая проблема, что убивал то его сербский националист Апис, а наши "православные монархисты" к своим коллегам из Сербии относятся с братской любовью. После этого убийства Апис с друзьями пытались убить императора Австрии Франца Иосифа, и успешно организовал покушение на наследника престола Австрийской империи эрцгерцога Франца Фердинанда. У Николая II был шанс проявить солидарность с прочими "помазанниками божьими", однако он решил защитить Аписа с дружками от австрийского правосудия. В результате две мировые войны и прочие неприятности. Это во-первых.
А во-вторых православные народы стали отстающими от народов нормальных еще до прихода романовых к власти. Еще рюриковичам править столетия, а уже стремительное отставание и взятие Константинополя османами.

История − неэкспериментальная наука. Проверить вами сказанное просто невозможно.
Согласно заповеди о наставниках (К Евреям 13:7), опираюсь на точку зрения Старца Николая (Гурьянова):

«Жертва Царя Николая, - говорил батюшка, - полное сораспятие Христу, Жертва за Русь Святую». Необходимо постичь величие Жертвы Царя, она исключительна для Русской Церкви. Об этой Жертве постоянно плакал и молил о прощении великий Старец Земли Русской Николай, и Господь открыл батюшке, что Он помиловал Россию, уже помиловал, и русский народ прощен - за Искупительную Голгофу Святого Царя...
«Святой Царь не отрекался, на Нем нет греха отречения. Он поступил как истинный христианин, смиренный Помазанник Божий. Ему надо в ножки поклониться за Его милость к нам, грешным. Не Он отрекся, а Его отвергли».
«Над Россией постоянно нависает меч страшной войны, и только молитва Святого Царя Николая отводит от нас гнев Божий. Надо просить Царя, чтобы не было войны. Он любит и жалеет Россию. Если бы вы знали, как Он Там плачет за нас!с

Благодатный Старец говорил о виденном очами души, очищенной страданиями. Ангельский мир, мир темных духов ясно видело его око. Невыносимо больно было слышать откровения Старца о кровавых мучениях Царственных Ангелов: он говорил, что Детей истязали на глазах онемевших святых Страдальцев, особо истязуем был Царственный Отрок... Царица не проронила ни слова. Государь весь стал белый. Батюшка плакал: «Господи! Что они с Ними со всеми сделали! Страшнее всяких мучений! Ангелы не могли зреть! Ангелы рыдали, что они с Ними творили! Земля рыдала и содрагалась... Была тьма... Умучили, разрубили страшными топорами и сожгли, а пепел выпили... С чайком... Пили и смеялись... И мучались сами. Имена тех, кто это сделал, не открыты... Мы их не знаем... Они не любили и не любят Россию, сатанинская злоба у них... Окаянные жиды... Ведь они Святую Кровь Их пили... Пили и боялись освятиться: ведь Кровь Царская - Святая... Надо молиться Святому Страдальцу, плакать, умолять, чтобы всех простил... Имен мы их не знаем... Но Господь знает все!»(25.01.2000)

Батюшка свидетельствовал, и его слово свято: «Царских останков нет! Они в свое время сожжены были». - Потом строго добавил: - Храните ту Истину, которая необходима в Вечности. Поняли? Вот это главное!» - Позже разъяснил: «Царь Николай, по великой любви к России и человеку, уничижился, мучался, страдал, пошел на Крест. Он простил всех, даже мучителей-извергов, окаянных убийц... Но Бог не простит нас, если мы ни во что ценим Его страдания, творим ложь и слушаем сатану-человекоубийцу... Это он вливает яд лжи в ум и сердце бедных людей... И те, кто поверят клеветнику и будут идти против Царя, творить зло с подложными останками - участь их страшная в Вечности! Сохрани Бог! Нельзя верить лжи! Их сожгли - а пепел выпили... Сколько зла в мире, сколько зла в человеке... Храните ту Истину, которая необходима в Вечности - Царь наш - великий святой, Он у Господа в неизреченной Славе... Царю дана огромная власть над миром... И кто поднял руку на Царя, знайте - такой человек вступил в сговор с самим диаволом... Такие будут отлучены от Любви Божией в Вечности!»

Старец Николай о Честных Царских Главах: «Они усечены были, не только Царя, а всех Мучеников, и увезены... Одно время были в Кремле. Бог весть, может даже в мавзолее... Над ними такое творили, что сохрани Бог и говорить! Мука! Беззаконие! Окаянное издевательство сатанинское... Об этом лучше молчать и плакать... Пляски бесовские». .
Цветник Старца Николая (Гурьянова), тайного епископа в схиме Нектария (24.05.1909 + 24.08.2002) | Искупительная Жертва Царя .

Вы просили привести пример религии, я Вам и привел пример мировой религии. А то что она будет авраамической никто Вам не обещал (впрочем можно взять и авраамические. посмотрите на гностические ответвления). И классический буддизм не отвергает существование богов и никогда не отвергал, а так же в отличие от индуизма (тех же кришнаитов например) он не ставит целью "стать как Бог". Это сделать можно, но не нужно, и по буддизму будет ошибкой, хоть наверно и приятной.

Документ называется Библия. И Вы просили ссылку на документ не про это, а про религию в которой см. буддизм.

Приведите цитату. Будем проверять информацию.

[Лучиан]

И - "Нажав на кнопку [Show transcript table], вы заметите, что многие из 11 белков имеют ещё и свои изоформы.", быстрее все же нажав на кнопку [show transcript table] мы увидим все те же 5 потенциально получаемых белков и все те же мусорные варианты транскриптов.

Вы говорите 5, а я вижу 11. Какой из этих белков не является белком, и почему?

Чтобы в этом убедиться достаточно посмотреть на таблицу транскриптов Pax6 и попробовать найти среди них хоть одну изоформу ey.

Приведите ссылку на эксперимент, описывающий результаты сплайсинга.

Мои слова ничем не противоречат Википедии.

Вы говорите, что в матрице есть вся необходимая информация для альт-сплайсинга, а там пишут, что нужна ещё и внешняя:
«Внешняя информация нужна для того, чтобы решить, какой именно полипептид образовать с данной мРНК».
Википедия. Альтернативный сплайсинг.

То что сайты связывания факторов транскрипции Pax6 и ey гомологичны ровно как и то, что они выполняют одинаковую роль объясняется ортологичностью генов Pax/ey т.е. тем что у мухи и мыши был общий предок. А вот это - "универсальной детерминированности одноименных программ (генов) для универсальной операционной системы разных редакций" является обычной глупостью. Если бы был действительно какой-то "Программист" то для него довольно странно, хотя и возможно, старательно делать одинаковые сайты связывания для одинаковых факторов транскрипции у мухи и мыши, причем этих факторов и сайтов можно разных придумать немереные триллионы.

Почему именно триллионы, а не квадриллионы или квинтиллионы?
Вы в курсе, что во всех ДНК одной клетки человека всего 3,2 миллиарда пар нуклеотидов?? 126 лет пройдет, пока в уме вы их просто пересчитаете.
И как определите максимальный КПД между уровнем сжатия, скоростью процессинга и затраченной энергией? Разве не знаете, что чем сильнее сжатие, тем больше ресурсов и времени нужно на декомпрессию? Как насчет внешних факторов биосферы?? Вы можете, как Бог, всё проанализировать и создать идеальную ДНК, хотя бы одной простейшей бактерии??

Критикуя Богом созданный геном, в котором целые Институты до конца разобраться не могут, и сложнее которого ничего ещё не написано, вы уподобляетесь микробу, рассуждающего о дельта-функциях в квантовой механике. Вы этим обогащаете науку?

Не зная всех функций каждого нуклеотида и каждой аминокислоты организма, невозможно без веры выносить критическое сужденияе по коду ДНК. То, что сегодня вам кажется бесполезным и нерациональным, завтра может стать жизненно необходимым и идеально настроенным, как это случилось в эксперименте 2016 года, зафиксировавшего защитные функции некодирующих участков в ДНК.
Вы думаете в 2015 не было умников, утверждавших о «мусорности» интронов? Они и сейчас есть, просто отстали от времени.

Вы должны благодарить Бога за то, какой вы есть, потому что завтра можете стать хуже. Ему достаточно убрать от вас Ангела-хранителя, и вы будете умолять сделать вас хотя бы таким, каким вы были. Не искушайте Бога своего, даже если вы в Него не верите. Учитесь на чужих ошибках.

Если бы Вы не выстроились по "этому генетическому алгоритму", то Вы бы были сейчас мертвы.

Ни я, ни муха, ни мышка, сейчас не умерли. Каждый выстроился разумно, и прожил отведенную ему жизнь.

Вот то что, например, в христианских странах из-за этого Причастия, алкоголь употребляют чаще мусульман, действительно может оказать влияние на частоты мутаций. Догадайтесь в какую сторону.

Вино разбавляют водой «теплотой», и запивают небольшой лжицей раз в неделю, как правило. Принявший поглотит алкоголя не больше, чем младенец, употребивший бутылочку грудного молока.
Поверьте, не из-за этого люди в северных странах злоупотребляют алкоголем.

Если никаких проблем, то что еще нужно для объяснения эволюции синтеза разных белков с одного гена?

Думаю, нужно ещё несколько раз уйти от ответа, чтобы окончательно похоронить и философию, на которой держится макроэволюция, хотя какая там философия? Это даже философией назвать сложно, скорее философское недоразумение, по странному стечению обстоятельств оказавшееся в бесконечном количестве информационных источников.

WOW! Рассказывайте про свои прямые эксперименты на котах про частоты мутаций в интронах vs экзоны.

Результаты прямых экспериментов подтвердили предсказания теории Творения о том, что от кошек родится только кошка, а от водоросли только водоросль.

В начале было очередное Ваше странное утверждение что "На деле никакого мусора в Pax6, для родного ему ДНК, нет. В одном случае актуальна одна часть его кода, а в другом другая, в зависимости от изоформы белка".

Верно. В изначальной матрице содержится код для всех изоформ, которые разделяют этот код между собой, не используя целиком. Поэтому то, что для одной кажется ненужным, для другой оказывается детерминировано важным.

Научные знания черпаются из рецензируемых научных изданий. Конкретнее в начале было показано что рибозимы могут самостоятельно собирать белки

Если бы вы разбирались в науке, то проверяли бы информацию. Эта философия вас позорит, она ограничивает ваш духовный и умственный потенциал, а Бог вас создал для вечности, для любви, для высшей науки.

"Peptide bond formation by in vitro selected ribozymes. Biliang Zhang & Thomas R. Cech." Nature. 1997 Nov 6;390
"Peptidyl-transferase ribozymes: trans reactions, structural characterization and ribosomal RNA-like features. Biliang Zhang &Thomas R.Cech" Chemistry & Biology Volume 5, Issue 10, October 1998
Потом была "разобрана" рибосома и было продемонстрировано что ее можно редуцировать до аналогичного рибозима.
Научпоп тут.
"A hierarchical model for evolution of 23S ribosomal RNA. Konstantin Bokov & Sergey V. Steinberg" Nature 457 (халявный pdf тут)
"Evolution of the ribosome at atomic resolution. Anton S. Petrov et al.," PNAS vol. 111 no. 28
"History of the ribosome and the origin of translation. Anton S. Petrov et al.," PNAS vol. 112 no. 50
"A vestige of a prebiotic bonding machine is functioning within the contemporary ribosome. M. Krupkin et al" Phil. Trans. R. Soc. B (2011)
"Ribosomal History Reveals Origins of Modern Protein Synthesis" Ajith Harish, Gustavo Caetano-Anollés" PLOS One March 12, 2012
и т.п.

В прошлом посте вы даже 1 статью по своей ссылке целиком не прочли, то как я могу вам доверять сейчас?
По этим ссылкам, с вероятностью 99,5% аналогичная информация, которая однажды была уже разобрана в этом комментарии.
Приведите лучший, по вашему мнению, прямой эксперимент, − будем читать, анализировать, проверять.
И ещё раз докажу, что вас обманывает горстка ученых-эволюционистов, распиливающих госбюджет, лишь бы чем-нибудь занимаясь.

[Pustovetov]

Вы говорите 5, а я вижу 11. Какой из этих белков не является белком, и почему?

Давайте я перечислю Вам белки которые приведены в таблице, а Вы попробуйте их посчитать. Смотрим на столбец Protein - 422aa, 436aa, 254aa, 139aa, 17aa. Ваша ошибка заключается в том, что Вы не учли, что разные транскрипты выдают в результате одинаковый белок и считали транскрипты, а не протеины.

Приведите ссылку на эксперимент, описывающий результаты сплайсинга.

Вы сами привели соответствующую таблицу. Далее можете вернуться в базу генов и посмотреть ссылки на основании которых были составлены таблицы транскриптов для Pax6.

Вы говорите, что в матрице есть вся необходимая информация для альт-сплайсинга , а Википедия говорит, что нужна ещё и внешняя

Вы невнимательны. Давайте еще раз, в гене Pax6 содержится вся необходимая информация (в общем случае, бывают более сложные варианты, но не Pax6) для получения соответствующих белков. А включение/выключение синтеза белков происходит действительно по командам извне, причем тут не важно ген это с интронами, ген без интронов, есть альтернативный сплайсинг или его нет.
Это Вы придумали альтернативный "альтернативный сплайсинг" который из Pax6 по "сложной программе" художественно вырезает мушиный ey. В реальности такого нет.

Почему именно триллионы, а не квадриллионы или квинтиллионы?

Может быть и квадриллионы. В любом случае очень много. И когда из этого огромного числа аккуратно выбираются гомологичные белки, которые цепляются к одинаковым сайтам связывания, то самое простое объяснение - общий предок.

И как определите максимальный КПД между уровнем сжатия, скоростью процессинга и затраченной энергией? Разве не знаете, что чем сильнее сжатие, тем больше ресурсов и времени нужно на декомпрессию?

1) В большинстве случаев в окружающем нас мире чем больше сжатие (до определенного предела сложности алгоритма распаковки конечно) тем выше скорость процессинга и меньше затраченная энергия. Потому что хранить и передавать дорогое удовольствие, а распаковывать в кеше "на лету" милое дело.
2) Смотрим на приведенную Вами таблицу. Для кодирования 5 изоформ белка Pax6 в случае использования раздельных генов без альтернативного сплайсинга достаточно ~14kbp. В целом ген Pax6 занимает ~35kbp со всеми своими интронами. Вот такое "сжатие" у Вашего "программиста".

Вы думаете в 2015 не было умников, утверждавших о «мусорности» интронов? Они и сейчас есть, просто отстали от времени.

Не "отстали от времени", а знают генетику.

Вино разбавляют водой «теплотой», и запивают небольшой лжицей раз в неделю, как правило. Принявший поглотит алкоголя не больше, чем младенец, употребивший бутылочку грудного молока. Поверьте, не из-за этого люди в северных странах злоупотребляют алкоголем.

Не в северных странах, а в христианских. И разница с мусульманами в том, что у мусульман алкоголь харам, а христианам как-то странно объявлять чем-то плохим то что И.Х. с учениками употребляли на Тайной Вечере.

Верно. В изначальной матрице содержится код для всех изоформ, которые разделяют этот код между собой, не используя целиком. Поэтому то, что для одной кажется ненужным, для другой оказывается детерминировано важным.

А если бы Вы все же посмотрели на код, то узнали бы, что там куча мусора, которая не играет никакой роли в "разделяют код между собой".

По этим ссылкам, с вероятностью 99,5% аналогичная информация, которая однажды была уже разобрана в этом комментарии.

Причем в том комментарии Вы в очередной раз продемонстрировали, что Вы плохо разбираетесь в науке и в частности не знаете что такое эксперимент.

[Лучиан]

Давайте я перечислю Вам белки которые приведены в таблице, а Вы попробуйте их посчитать. Смотрим на столбец Protein - 422aa, 436aa, 254aa, 139aa, 17aa. Ваша ошибка заключается в том, что Вы не учли, что разные транскрипты выдают в результате одинаковый белок и считали транскрипты, а не протеины.

У каждого из 11 белков разная матрица (отличия выделены):



Итого 11 видов белков, каждый из которых имеет свою страницу описания, уникальное имя, свой ID-транскрипт, уникальное количество пар нуклеотидов (колонка bp). Поэтому сказки о пяти белках рассказывать не надо.

Вы сами привели соответствующую таблицу. Далее можете вернуться в базу генов и посмотреть ссылки на основании которых были составлены таблицы транскриптов для Pax6.

Меня интересует Pax6 не на Еnsembl, а тот, который внедрили кокретно в муху, иначе как я проверю что он сплайсировался также, как показано на Еnsembl?
Жду ссылку.

Вы невнимательны. Давайте еще раз, в гене Pax6 содержится вся необходимая информация (в общем случае, бывают более сложные варианты, но не Pax6) для получения соответствующих белков. А включение/выключение синтеза белков происходит действительно по командам извне, причем тут не важно ген это с интронами, ген без интронов, есть альтернативный сплайсинг или его нет.

В строке «Sequence variants» отмечены сотни вариабельных разметок для альт-сплайсинга Pax6. В общей сложности, это несколько десятков тысяч вариантов сплайсинга Pax6.
Но организм выбирает всегда только 11 (не считая нескольких изоформ). Если сплайсосома управлялась бы только цис-сайтами, слепо выполняя то, что указано на разметке транскрипта, то она либо разрезала пре-мРНК на сотни мелких кусочков, либо хаотично их нагромождала/удаляла/переставляла, − одним словом, постоянно выдавала бы ошибочный транскрипт, по которому синтезировались бы ошибочные (вредные и бесполезные) белки. А в случае «центров управления», типа Pax6, это вообще немыслимо, в нём небольшая ошибка уже фатальна.
Так вот, чтобы этого безумия не произошло, Бог разумно запрограммировал Код Сплайсинга, управляющий факторами сплайсинга: посылая такой фактор, в такую часть транскрипта, в такое время, в такой последовательности, чтобы процессинг шел по задуманному (разумному) плану (замыслу).
Неужели так сложно понять?

Сама по себе ДНК не нужна абиогенезу даже в совершенном, написанном и собранном Богом, виде. А «ученые»-эволюционисты в «первичном бульоне» и 1 нуклеотида не получили.
Без Кода Сплайсинга, ДНК, − просто хлам. Не говоря уже об обеспечении процессинга полезной энергией (телеономии), набора синтаз, переносчиков взаимодействия, и пр. и пр.
Как вообще можно было повестись на этот школьный развод? Не понимаю. У меня в школьные годы был не слабо развит аналитический аппарат (да и сейчас не очень), ввиду ограниченного набора знаний, но интуитивно я уже тогда понимал, что это самый настоящий развод. Про макроэволюцию вообще молчу, это просто Цирк на колесах, опровергнуть который можно даже без особых научных знаний.

Это Вы придумали альтернативный "альтернативный сплайсинг" который из Pax6 по "сложной программе" художественно вырезает мушиный ey. В реальности такого нет.

Не утверждаю, что есть. Но как вы доказали, что нет? Вы до сих не предоставили ссылку на эксперимент (которую просил чуть выше). Уже в четвертый раз прошу.
Это вопрос из серии «Nota bene», просто для разминки ума, никак не влияющий на суть диалога, но если вы столь принципиальны, то действуйте не языком, а мышкой.

Может быть и квадриллионы. В любом случае очень много. И когда из этого огромного числа аккуратно выбираются гомологичные белки, которые цепляются к одинаковым сайтам связывания, то самое простое объяснение - общий предок.

Не может быть квадриллионы, потому что согласно NCBI, в одной человеческой ДНК около 200 миллионов пар нуклеотидов, и даже если бы на каждую пару приходился один цис-сайт, то не хватило бы 16 нулей (это 10¹⁶) до сказочного числа, что вы озвучили.
Пожалуйста, не употребляйте значения чисел, которые не осознаете.

1) В большинстве случаев в окружающем нас мире чем больше сжатие (до определенного предела сложности алгоритма распаковки конечно) тем выше скорость процессинга и меньше затраченная энергия. Потому что хранить и передавать дорогое удовольствие, а распаковывать в кеше "на лету" милое дело.

За 10 лет прямых экспериментов, работая сисадмином, я перепаковал тысячи программ, и не было ни одного случая, чтобы при одном железе и настройках системы, более сжатые архивы идентичных данных распаковывались быстрее менее сжатых. Потому что чем эффективнее и универсальнее алгоритм сжатия, тем он более требователен к вычислительным ресурсам. Это закон, распространяющийся на любые алгоритмы сжатия, в том числе и на те, которые Бог применил к ДНК.
Это прямые эксперименты, без философии, в научных рамках.

Более того, возвращаясь к эволюционному бреду, не было ни одного случая, чтобы какая-то программа сама по себе написалась, например, при коротком замыкании электросети, хаотичном управлении периферией, случайных ударах по системному блоку и т.д. Во всех случаях обнаруженные программы имели своего творца, даже какой-то маленький патч или апдейт. Что уж говорить о ДНК? тут нужен самый настоящий Творец.
Делюсь настоящим опытом жизни, а не какими-то учебными сказками, согласно которым программы создаются пузырьками гейзеров и разрядами молний.

2) Смотрим на приведенную Вами таблицу. Для кодирования 5 изоформ белка Pax6 в случае использования раздельных генов без альтернативного сплайсинга достаточно ~14kbp. В целом ген Pax6 занимает ~35kbp со всеми своими интронами. Вот такое "сжатие" у Вашего "программиста".

Думал вы только белки так круто считаете, оказывается вы ещё размер генов «на глаз» определяете. Впечатляет.
Если бы наш Создатель был такой недалекий, каким вы Его представляете, наверное Он бы не смог 100 000 транскриптов сжать в 20 000, правильно?
Сначала проверим информацию:
«The Human Genome Initiative is a worldwide research effort with the goal of analyzing the structure of human DNA and determining the location of the estimated 100,000 human genes».
US Department of Health and Human Services, US Department of Energy: Understanding our Genetic Inheritance, The U.S. Human Genome Project: The First Five Years, Fiscal Years 1991-1995.

«In the current paper1, the number is estimated to be between 20,000 and 25,000».
Stein LD. Human genome: end of the beginning. Nature. 2004;431:915916. doi: 10.1038/431915a.

Полагаю, здравомыслящий человек будет исходить именно из вышеописанной логики, ожидая соответствующие результаты вычисления. Давайте считать кодируемые аминокислоты, согласно данным таблицы:

• Pax6-002 − 422 шт.
• Pax6-001 − 436 шт.
• Pax6-015 − 17 шт.
• Pax6-004 − 254 шт.
• Pax6-011 − 422 шт.
• Pax6-008 − 436 шт.
• Pax6-201 − 436 шт.
• Pax6-009 − 422 шт.
• Pax6-013 − 436 шт.
• Pax6-012 − 422 шт.
• Pax6-017 − 139 шт.

Итого 3842 аминокислот на основе 436 (самое больше значение матрицы). Соотношение точное, поскольку ни к одному транскрипту из таблицы браузера не прибавлено больше идентифицированных (закрашенных) последовательностей, чем известны всем. Таким образом соотношение сжатой к разжатой информации, в гене Pax6, равно 1 к 9. Полное соответствие вышеприведенным исследованиям, согласно которым геном человека удивительным образом сжат. Никак не наоборот.

Не в северных странах, а в христианских.

Это связано с «Гарвардским и Хьюстонским» проектами по уничтожению православных народов, особенно народов Святой Руси. Святая Русь, традиционно, на протяжении всей истории была одной из самых трезвых стран мира. На протяжении 300 лет меньше нас в европе пила только Норвегия. Когда на кануне I мировой войны уровень потребления на Руси возрос до 4,7 л. (на 2018 это 15 л.), в 1914 году был принят «Сухой закон», и потребление алкоголя снизилось почти до нуля 0,2 литра (меньше стакана в год). Просуществовав 11 лет, закон был отменен в 1925 году, спустя 1,5 года после смерти Ленина, врагом народа Рыковым. Потому и водка презрительно называлась «Рыковка».

Повторяю, в Царской России такой проблемы не было, а как появилась, сразу пресекли, потому что все жили, как в одном большом монастыре, а в монастыре, как известно, пить не принято. Но поскольку в 1917 году мы от родного Креста отреклись, а Царя предали на смерть, то вместо благословений Божьих, в наказание получили «русский крест», когда в 1991 году рождаемость и смертность пересеклись.

И разница с мусульманами в том, что у мусульман алкоголь харам, а христианам как-то странно объявлять чем-то плохим то что И.Х. с учениками употребляли на Тайной Вечере.

Что плохого в С₂Н₅ОН? Он содержится в материнском молоке, а в кефире его ещё больше.

Если вас интересует мое отношение к алкоголю, то оно резко отрицательное. Вино могу лишь пригубить на Рождество. На ДР даже не пригубляю.
Если вас интересует отношение Церкви к его злоупотреблению, то оно таково:
«Вино - глумливо, сикера - буйна; и всякий, увлекающийся ими, неразумен.» (Притчи 20:1)
«ненависть, убийства, пьянство, бесчинство и тому подобное. Предваряю вас, как и прежде предварял, что поступающие так Царствия Божия не наследуют.» (К Галатам 5:21)

А если бы Вы все же посмотрели на код, то узнали бы, что там куча мусора, которая не играет никакой роли в "разделяют код между собой".

Человек, приведя в противовес прямой эксперимент (если вы об интронах), несколько раз назовет ваше высказывание абсурдным, потом и вовсе перестанет на него нормально реагировать.
Если вы об экзонам, функции которых вам неизвестны, говорите, как о «мусоре», то это в высшей степени ненаучно. Для этого есть термин «некодирующая ДНК», функции которой пока не установлены, согласно определению Википедии, с ссылкой на материал дарвиниста.

Причем в том комментарии Вы в очередной раз продемонстрировали, что Вы плохо разбираетесь в науке и в частности не знаете что такое эксперимент.

Приведите пример, будем проверять информацию.

[Pustovetov]

У каждого из 11 белков разная матрица (отличия выделены)

Еще раз. 5 (пять) белков которые получаются действительно из 11 "разных матриц".

Итого 11 видов белков, каждый из которых имеет свою страницу описания, уникальное имя, свой ID-транскрипт, уникальное количество пар нуклеотидов (колонка bp). Поэтому сказки о пяти белках рассказывать не надо.

Никаких сказок. Вы просто не понимаете что написано в этой таблице и спутали транскрипт с белком.

Меня интересует Pax6 не на Еnsembl, а тот, который внедрили кокретно в муху, иначе как я проверю что он сплайсировался также, как показано на Еnsembl?

Берете оригинальную статью Вальтера Геринга и читаете. А сплайсироваться "не также" он не может, чтобы Вы не фантазировали.

В строке «Sequence variants» отмечены сотни вариабельных разметок для альт-сплайсинга Pax6. В общей сложности, это несколько десятков тысяч вариантов сплайсинга Pax6.

А строка "Sequence variants" это не про сплайсинг и его разметку, а про известные на данный момент мутации этого гена, в первую очередь снипы. Их естественно может быть десятки и сотни тысяч, но к сплайсингу они отношения не имеют. Опять же Вы неправильно понимаете что написано в базе.

Но организм выбирает всегда только 11 (не считая нескольких изоформ). Если сплайсосома управлялась бы только цис-сайтами, слепо выполняя то, что указано на разметке транскрипта, то она либо разрезала пре-мРНК на сотни мелких кусочков, либо хаотично их нагромождала/удаляла/переставляла, − одним словом, постоянно выдавала бы ошибочный транскрипт, по которому синтезировались бы ошибочные (вредные и бесполезные) белки. А в случае «центров управления», типа Pax6, это вообще немыслимо, в нём небольшая ошибка уже фатальна.

Хороший пример беспочвенных фантазий, основанный на незнании матчасти генетики.

Сама по себе ДНК не нужна абиогенезу даже в совершенном, написанном и собранном Богом, виде. А «ученые»-эволюционисты в «первичном бульоне» и 1 нуклеотида не получили.
Без Кода Сплайсинга, ДНК, − просто хлам.

А это уже пошли не просто фантазии, но бред. Но ДНК действительно абиогенезу не нужна, так как переход на ДНК произошел после абиогенеза.

Не утверждаю, что есть. Но как вы доказали, что нет?

Изучайте генетику.

Не может быть квадриллионы, потому что согласно NCBI, в одной человеческой ДНК около 200 миллионов пар нуклеотидов, и даже если бы на каждую пару приходился один цис-сайт, то не хватило бы 16 нулей (это 10¹⁶) до сказочного числа, что вы озвучили.

И вновь Вы не понимаете того о чем пишете. Начиная с того что не "в одной человеческой ДНК", а в одной человеческой хромосоме. У человека хромосом несколько знаете ли. И кончая тем, что речь идет не о количестве цис-сайтов, а о количестве вариантов белков, которые могут решить такую сложную задачу как "прикрепится к заданной последовательности нуклеотидов и висеть". Там пространство вариантов в котором можно искать желаемое (допустим экономно берем не очень большие белки размером с Pax6/ey т.е. до ~500-800 аминокислот) получается 20^500-20^800, что не только намного больше несчастного квадриллиона, но и очень намного превосходит количество атомов во Вселенной.

Более того, возвращаясь к эволюционному бреду, не было ни одного случая, чтобы какая-то программа сама по себе написалась, например, при коротком замыкании электросети, хаотичном управлении периферией, случайных ударах по системному блоку и т.д.

А здесь Вы пытаетесь спорить уже и с прикладной математикой.

Думал вы только белки так круто считаете, оказывается вы ещё размер генов «на глаз» определяете. Впечатляет.

Размер генов определяется не "на глаз", а по таблице. Кто же виноват, что Вы не умеете ей пользоваться? И вот такой у нас "программист" получился, что "сжал" ~14kbp в ~35kbp.

Человек, приведя в противовес прямой эксперимент (если вы об интронах), несколько раз назовет ваше высказывание абсурдным, потом и вовсе перестанет на него нормально реагировать.
Если вы об экзонам, функции которых вам неизвестны, говорите, как о «мусоре», то это в высшей степени ненаучно.

Замечаем что Вы даже не знаете что означают термины интрон и экзон. Экзон между прочим это как раз кодирующая ДНК и функции ее отлично известны. И Ваш "прямой эксперимент" прямо доказывает что в интронах мусор. Собственно за счет того что там мусор, они и имеют защитные свойства против гибридизации ДНК-РНК. Ну и конечно забавно когда о "высшей степени ненаучно" пишет человек который отказал физике в научности.

Приведите пример, будем проверять информацию.

Вы требуете "прямых экспериментов", а когда Вам приводят "прямые эксперименты" Вы пишете свое возражение под номером [1] "Опыт проводился вне «первичного бульона»... Для сотворения перечня нужен был разум, разум и ещё раз разум" и т.п. из чего следует, что Вы не знаете что такое эксперимент.

[Лучиан]

Еще раз. 5 (пять) белков которые получаются действительно из 11 "разных матриц".

11 «proteins» − белков. Составные они, или нет, − вопрос другой.
Мне заскринить Google Translate?

Никаких сказок. Вы просто не понимаете что написано в этой таблице и спутали транскрипт с белком.

Мне попросить админа пофиксить перевод в SQL-базе?

Берете оригинальную статью Вальтера Геринга и читаете.

Где там сказано о сплайсинге мышиного Pax6 в мухе? Процитируйте.

А сплайсироваться "не также" он не может, чтобы Вы не фантазировали.

Это ваше «имхо» как я понимаю. Можно пока не буду верить?

А строка "Sequence variants" это не про сплайсинг и его разметку, а про известные на данный момент мутации этого гена, в первую очередь снипы. Их естественно может быть десятки и сотни тысяч, но к сплайсингу они отношения не имеют. Опять же Вы неправильно понимаете что написано в базе.

Мутации обусловлены альтернативным сплайсингом, и эти разметки прямо относятся к альтернативному сплайсингу, что ясно по их обозначениям:

• Intron variant;
• 5 prime UTR variant;
• Non coding transcript exon variant;
• Missense variant;
• Splice region variant.

Хороший пример беспочвенных фантазий, основанный на незнании матчасти генетики.

Очень аргументированно.

А это уже пошли не просто фантазии, но бред.

Очень аргументированно.

Но ДНК действительно абиогенезу не нужна, так как переход на ДНК произошел после абиогенеза.

В школьных учебниках может произойти любой переход.


От звериной формы мышления → к человеческой:




От существ без мозга → к существам сразу с мозгом:




Сказка в учебниках неотъемлемо связана с генетикой:




Аккуратно подсовываются такие вот задачки:




Потом «эволюционной» программой закрепляют по принципу:




Ребенку, прошедшему такой курс обучения, потом снятся такие сны:

И вновь Вы не понимаете того о чем пишете. Начиная с того что не "в одной человеческой ДНК", а в одной человеческой хромосоме.

«Хромосома эукариот образуется из единственной и чрезвычайно длинной молекулы ДНК, которая содержит линейную группу множества генов».
Википедия. Хромосома.

У человека хромосом несколько знаете ли.

Это и так ясно по числу архивов с исходниками для Ensembl.

И кончая тем, что речь идет не о количестве цис-сайтов, а о количестве вариантов белков, которые могут решить такую сложную задачу как "прикрепится к заданной последовательности нуклеотидов и висеть". Там пространство вариантов в котором можно искать желаемое (допустим экономно берем не очень большие белки размером с Pax6/ey т.е. до ~500-800 аминокислот) получается 20^500-20^800, что не только намного больше несчастного квадриллиона, но и очень намного превосходит количество атомов во Вселенной.

Это ваши слова, цитирую: «...причем этих факторов и сайтов можно разных придумать немереные триллионы»?
Мы обсуждали количество цис-сайтов в контексте генома, созданного Богом, и я вам доказал, что не может быть триллионов цис-сайтов, потому что согласно NCBI, в одной человеческой ДНК всего 200 миллионов пар нуклеотидов, и даже если бы на каждую пару приходился один цис-сайт, то не хватило бы 16 нулей до того сказочного числа, которым вы критиковали творение.

Богу не надо было усложнять Своё творение, оно и без того крайне разнообразно, в том числе и на молекулярном уровне. Ваш аргумент о том, что если бы творил Бог, то белки и цис-сайты были бы ещё разнообразней, просто высосан из пальца, потому что опять вышли за научные рамки.
«Где просто, там ангелов со сто, а где мудрено там ни одного». (Преподобный Амвросий Оптинский)

Размер генов определяется не "на глаз", а по таблице. Кто же виноват, что Вы не умеете ей пользоваться? И вот такой у нас "программист" получился, что "сжал" ~14kbp в ~35kbp.

Откуда вы взяли эти числа? от края до края матричный транскрипт умещается в 28,46 kb. Если 10 других сплайсированы на его основе, то как он суммарно может весить больше 10 вторичных копий, которые по длине не сильно отличаются от него?
Как ваши вычисления сходятся с научными данными о том, что 20 000 различных генов человека декомпрессируются в 100 000 различных генов?
У вас противоречие на противоречии.

Замечаем что Вы даже не знаете что означают термины интрон и экзон. Экзон между прочим это как раз кодирующая ДНК и функции ее отлично известны.

Функции не всех экзонов известны, даже на уровне первичного транскрипта. Пустые прямоугольники на схеме (по левому и правому краю транскриптов), − лишнее тому подтверждение. Уже не говорю об их интерпретации на уровне взаимодействия со всем геномом.

И Ваш "прямой эксперимент" прямо доказывает что в интронах мусор.

Прямой эксперимент доказал, что интроны защищают ДНК от генетической нестабильности, что они не лишние в ДНК, что это не мусор. Они выполняют свою генетическую программу, на уровне физико-химических свойств взаимодействия с другими элементами, участвующих в процессинге. Что в этом эксперименте вам непонятно?

ИСобственно за счет того что там мусор, они и имеют защитные свойства против гибридизации ДНК-РНК.

Как может быть мусором то, что жизненно важно для процессинга ДНК? Вы сами себе противоречите.

Вы требуете "прямых экспериментов", а когда Вам приводят "прямые эксперименты" Вы пишете свое возражение под номером [1] "Опыт проводился вне «первичного бульона»... Для сотворения перечня нужен был разум, разум и ещё раз разум" и т.п. из чего следует, что Вы не знаете что такое эксперимент.

Эксперимент прямо доказал, что сотворенные учеными ATRib или AD02 рибозимы частично могут осуществить функцию рибосомы, а также то, что у любого творения есть свой творец. Всё. Больше он ничего прямо не доказал.

Косвенно этот эксперимент может доказывать что угодно, начиная с того, что рибозимы были предшественниками рибосом, заканчивая тем, что они входили в состав помета инопланетян.

[Виталич]

это просто шедеврально

))))))))))))))

[Pustovetov]

11 «proteins» − белков. Составные они, или нет, − вопрос другой.

Proteins это действительно белки. И их там 5, а 11 это число транскриптов. Учитесь пользоваться своей же таблицей.

Мне попросить админа пофиксить перевод в SQL-базе?

А ему то чего фиксить?

Где там сказано, о сплайсинге мышиного Pax6 в мухе? Процитируйте.

Нигде. А раз нигде, значит по умолчанию подразумевается каноничная форма, а не четыре альтернативные.

Это ваше «имхо» как я понимаю. Можно пока не буду верить?

Это не мое "имхо" это имхо генетики.

Мутации обусловлены сплайсингом, и эти разметки прямо относятся к сплайсингу.

Мда. И эти мутации естественно не обусловлены сплайсингом, и "эти разметки" в основном просто места где один неправильный нуклеотид заменил нормальный. И то что Вы не смогли различить снипы и транскрипты, еще один пример Вашей неготовности вести дискуссию о генетике.

Это ваши слова, цитирую: «...причем этих факторов и сайтов можно разных придумать немереные триллионы»?
Мы обсуждали количество цис-сайтов в контексте генома, созданного Богом, и я вам доказал, что не может быть триллионов цис-сайтов, потому что согласно NCBI, в одной человеческой ДНК всего 200 миллионов пар нуклеотидов, и даже если бы на каждую пару приходился один цис-сайт, то не хватило бы 16 нулей до того сказочного числа, которым вы критиковали творение.

А это уже к Вашему умению мыслить логично. Я что-то писал про сколько цис-сайтов можно напихать в одну хромосому за раз? Когда? Я писал сколько различных вариантов факторов и сайтов связывания можно придумать. Вот например сайт связывания нашего любимого Pax6 ~30bp. Т.е. грубо говоря 4^30 возможных варианта. Но Ваш программист из всего этого многообразия старательно выбирает так что Pax6 мыши успешно распознает и связывается с сайтом мухи.

Богу не надо было усложнять Своё творение, оно и без того крайне разнообразно, в том числе и на молекулярном уровне.

Допустим. Зачем действительно усложнять? Тогда наверно стоит ожидать, что Pax6 у мыши и мухи совпадают с точностью до нуклеотида? Однако нет, эти гены разные, хотя и родственные. И разница в них пропорциональна расстоянию по эволюционному дереву. Т.е. Ваш "программист" не делал как проще, а специально маскировал свое творение под результат естественного процесса. Т.е. он лжец. Вашего Бога случайно не Сатана зовут?

Откуда вы взяли эти числа? от края до края матричный транскрипт умещается в 28,46 kb. Если 10 других сплайсированы на его основе, то как он может весить больше 10 вторичных копий, которые по длине не сильно от него отличаются?

Учитесь пользоваться базой генов.

Как ваши вычисления сходятся с научными данными о том, что 20 000 различных генов декомпрессируются в 100 000 различны генов человека?

Очень просто сходятся. Потому что количество генов и количество белков получающихся из них это одно, а overhead на это уходящий - совсем совсем другое.

Прямой эксперимент доказал, что интроны защищают ДНК от генетической нестабильности, что они не лишние в ДНК, что это не мусор.

Этот "прямой эксперимент" доказал, что в интронах мусор и именно по этому они могут защитить ДНК от гибридизации с РНК.

Они выполняют свою генетическую программу, на уровне физико-химических свойств взаимодействия с другими элементами, участвующих в транскрипции и процессинге.

А в реальности они НЕ взаимодействуют с РНК потому что внутри них случайный мусорный код. И тем самым защищают ДНК от гибридизации. Такие дела.

Как может быть мусором то, что жизненно важно для процессинга ДНК?

Вполне очевидно что для процессинга ДНК оно в целом совсем не нужно. Оно при процессинге идет обычно прямо в мусорку.

Эксперимент прямо доказал, что сотворенные учеными ATRib или AD02 рибозимы частично могут осуществить функцию рибосомы, а также то, что у любого творения есть свой творец. Всё. Больше он ничего прямо не доказал.

Вот я и пишу, Вы не знаете что такое эксперимент.

[Лучиан]

Proteins это действительно белки. И их там 5, а 11 это число транскриптов. Учитесь пользоваться своей же таблицей.

Просто в шоке от провалов в вашей логике.
11 разных транскриптов кодируют протеин, следовательно 11 разных белков, кодируемых 11 разными протеинами.
Обычная логика, первый класс.

Нигде.

Зачем дали статью, о чём я не просил?
Представьте сколько времени бы потратил, став читать её в поисках нужного??

А раз нигде, значит по умолчанию подразумевается каноничная форма, а не четыре альтернативные.

Это вообще шедевр.
Во времена Дарвина по умолчанию считалось, что микробы − просто сгустки слизи, зарождающиеся сами по себе. Означает ли это, что позиция правдива? Нет, не означает, потому что Луи Пастер прямым экспериментом доказал, что даже микробы не способны к самопроизвольному зарождению. Lamont, A., Louis Pasteur (18221895): Outstanding scientist and opponent of evolution, Creation 14(1):1619, 1991

Вы можете, как Луи Пастер, прямым экспериментом доказать, что я не прав, как те самые ученые, которые верили в абиогенез?

Это не мое "имхо" это имхо генетики.

Ну так где генетик написал, что Pax6 мышки сплайсировался в мухе также, как в мышке? Поймите, я не очень религиозный человек, я не могу так просто взять и поверить.

Мда. И эти мутации естественно не обусловлены сплайсингом, и "эти разметки" в основном просто места где один неправильный нуклеотид заменил нормальный. И то что Вы не смогли различить снипы и транскрипты, еще один пример Вашей неготовности вести дискуссию о генетике.

Благодарю за информацию, буду знать. Имейте ввиду, что с молекулярной генетикой я знаком несколько недель. Учусь по ходу, как вы заметили, в том числе и на ошибках.

Так или иначе, существует около 40 зафиксированных на таблице цис-сайтов, согласно всем изменениям. Итого 1600 хаотичных вариантов сплайсинга матричного транскрипта, даже без SNP. Тактически я допустил ошибку, но не стратегически.
Без Кода Сплайсинга, ДНК, − это по прежнему бесполезный код.

Наличие кода ДНК и Кода Сплайсинга, образует ещё одну (сбился со счету какую) нередуцируемо сложную систему. Хотите доказать обратное? Докажите в «первичном бульоне», в котором живет дух теории абиогенеза, что и без творца есть творение. Без философии, на деле.

А это уже к Вашему умению мыслить логично. Я что-то писал про сколько цис-сайтов можно напихать в одну хромосому за раз? Когда? Я писал сколько различных вариантов факторов и сайтов связывания можно придумать. Вот например сайт связывания нашего любимого Pax6 ~30bp. Т.е. грубо говоря 4^30 возможных варианта. Но Ваш программист из всего этого многообразия старательно выбирает так что Pax6 мыши успешно распознает и связывается с сайтом мухи.

А ну так бы сразу и сказали. Не буду тревожить ваши фантазии.

Допустим. Зачем действительно усложнять? Тогда наверно стоит ожидать, что Pax6 у мыши и мухи совпадают с точностью до нуклеотида? Однако нет, эти гены разные, хотя и родственные.

Не исключено, что Код Сплайсинга распознал в чужеродном коде «центр управления», заменив его на собственный. Также не исключено, что он просто внес ряд корректировок, для соответствия своему геному. Всё что угодно может быть. Поэтому и обратился с вопросом, чтобы проверить эти гипотезы, эту философию, но вы сами не знаете как в действительности обстоит дело, полируете этот орех бесполезной риторикой, а я как бы эксперимента жду, хочу его расколоть.

И разница в них пропорциональна расстоянию по эволюционному дереву.

Вообще никогда больше не упоминайте этот бред. Забудьте про него, как страшный сон. Вы же вроде нормальный, не отсталый человек.
Не верите в Бога, не верьте, дело ваше. Только не марайтесь в этих философских испражнениях, тут как бы уже мне даже стыдно за вас. Закройте уже эту тему, давайте говорить о чем-то насущном, ещё лучше о чём-то возвышенном, в идеале, − о святом.

Т.е. Ваш "программист" не делал как проще, а специально маскировал свое творение под результат естественного процесса. Т.е. он лжец.

«И подлинно: спроси у скота, и научит тебя, у птицы небесной, и возвестит тебе; или побеседуй с землею, и наставит тебя, и скажут тебе рыбы морские. Кто во всем этом не узнает, что рука Господа сотворила сие?» (Иов 12:7-9)

Вашего Бога случайно не Сатана зовут?

Судя по стихам выше, это бога эволюционистов так зовут, потому что они учат лжи, по вдохновению дьявола:
«Когда говорит он ложь, говорит свое, ибо он лжец и отец лжи.» (От Иоанна 8:44)

Очень просто сходятся. Потому что количество генов и количество белков получающихся из них это одно, а overhead на это уходящий - совсем совсем другое.

Сначала уличил код, что оно плохо сжат, поняли, что ловить нечего, перескочили на другую веточку.
Причем тут время выполнения функций, когда мы обсуждаем уровень сжатия? Что вообще вам известно о времени выполнения функций в ДНК?

Запомните до конца жизни, что ДНК запрограммирована Богом идеально. Это аксиома.

Этот "прямой эксперимент" доказал, что в интронах мусор и именно по этому они могут защитить ДНК от гибридизации с РНК.

Мусор, − это что-то ненужное. В ДНК интроны нужны, для обеспечения безопасности ДНК.
До вас это может дойти, я думаю.

А в реальности они НЕ взаимодействуют с РНК потому что внутри них случайный мусорный код.

Внутри них не случайный мусорный код, а разумный код, по своим физики-химическим свойствам обеспечивающий безопасность ДНК от воздействия R-петель.

Вполне очевидно что для процессинга ДНК оно в целом совсем не нужно.

Обязательно нужно. С помощью интронов столько вариантов сплайсинга осуществляется. Что уж говорить, интрон частично или полностью может стать частью экзона, так и наоборот, экзон может стать частью интрона, сплайсируясь до необходимых меньших и больших размеров.
Такое ощущение, что всё это время, приводя ссылки, цитаты, схемы, со стенкой общался. Почему я, новичок в этой теме, должен разбираться в ней лучше, чем вы?

[Pustovetov]

Просто в шоке от провалов в вашей логике.
11 разных транскриптов кодируют протеин, следовательно 11 разных белков, кодируемых 11 разными протеинами.

Вам наверно спать пора? Нет?
а) Протеин никак не может "кодировать белок" потому что протеин это и есть белок, только по английски. Если Вы не знаете ТАКОГО то может быть Вам рано что-то писать о биологии?
б) 11 разных транскриптов, из Вашей таблицы, кодируют протеины. 5 разных протеинов. Это происходит потому что из части транскриптов получается одинаковые белки.
Чтобы убедиться в этом достаточно посмотреть на Вашу же таблицу. Можете еще воспользоватьсяссылкой на базу NCBI. Там переходите к "mRNA and Protein(s)" и
This variant (1) encodes the longest isoform (1). It initiates from the P0 promoter. Variants 1, 2, and 3 encode the same protein (isoform 1, also known as 5a).
...
This variant (4) lacks an in-frame exon in the 5' coding region compared to variant 1. It initiates from the P0 promoter. The encoded isoform (2) is shorter than isoform 1. Variants 4, 5, and 6 encode the same protein (isoform 2).
Перевести сможете или помочь?

Обычная логика, первый класс.

Надо знать предметную область прежде чем пытаться к ней применить "логику" за первый класс. Вот Вы не знаете что такое протеин и не смогли посчитать до 5.

Так или иначе, существует около 40 зафиксированных на таблице цис-сайтов, согласно всем изменениям. Итого 1600 хаотичных вариантов сплайсинга матричного транскрипта, даже без SNP. Тактически я допустил ошибку, но не стратегически.

Количество вариантов сплайсинга Вы же сами привели на красивой картинке. Изучите ее еще раз. А потом после изучения подумайте почему на ней никак не получается насчитать 1600 вариантов сплайсинга (подсказка - не все цис-сайты это сайты именно сплайсинга + не все возможные потенциально варианты были найдены in vitro/in vivo соответственно они не попали в таблицу).

Не исключено, что Код Сплайсинга распознал в Pax6 мыши «центр управления», заменив его на собственный Pax6. Может не заменил, а просто внес ряд корректировок. Всё что угодно может быть. Мне это интересно, поэтому я и спрашиваю как всё было на самом деле, а вы всё никак не можете ответить.

Вам сказали как было на самом деле. Но Вам это не понравилось так как в реальности нет места чудесному "Коду Сплайсинга" распознающему что-то там чудесное. А у Вас есть тяга к фэнтези.

Вообще никогда не упоминайте этот бред.

Очень веская оценка фактов биоинформатики от человека который не знал что такое "протеин" и "снип".

Как вы это определили?

По базе генов, которой Вы не умеете пользоваться.

Внутри них не случайный мусорный код, а разумный код, по своим физики-химическим свойствам обеспечивающий безопасность ДНК от воздействия R-петель.

Ага, разумный код сгенерированный "генератором случайных чисел". Он должен быть разумным только если интрон остается во зрелой РНК и белок должен быть функциональным (если же такой вариант напротив должен выводить белок из строя, то опять же интрон должен содержать ахинею). +Разумны последовательности сайтов в теле интрона конечно.

Обязательно нужно. С помощью интронов столько вариантов сплайсинга осуществляется.

Только интроны со сплайсингом не являются Обязательно Нужными для процессинга ДНК. Такая тут незадача.

[Лучиан]

Вам наверно спать пора? Нет?
а) Протеин никак не может "кодировать белок" потому что протеин это и есть белок, только по английски. Если Вы не знаете ТАКОГО то может быть Вам рано что-то писать о биологии?

Пишу, без оговорки:
11 разных транскриптов кодируют протеин, следовательно 11 разных белков, кодируемых 11 разными транскриптами.

б) 11 разных транскриптов, из Вашей таблицы, кодируют протеины.

11 разных белков (Protein coding).

5 разных протеинов. Это происходит потому что из части транскриптов получается одинаковые белки.

Чуть выше привел визуальные различия между 11 транскриптами.

Транскрипт у всех разный (нажмите по ссылке, прокрутите донизу), поэтому и число нуклеотидов у всех кодируемых белков разное:
Pax6-002 − 2559 нукл.
Pax6-001 − 2601 нукл.
Pax6-015 − 528 нукл.
Pax6-004 − 4427 нукл.
Pax6-011 − 3069 нукл.
Pax6-008 − 2779 нукл.
Pax6-201 − 2814 нукл.
Pax6-009 − 2370 нукл.
Pax6-013 − 2869 нукл.
Pax6-012 − 3116 нукл.
Pax6-017 − 1635 нукл.

Разные нуклеотидные наборы кодируют разные аминокислотные наборы (белки).

Чтобы убедиться в этом достаточно посмотреть на Вашу же таблицу. Можете еще воспользоватьсяссылкой на базу NCBI. Там переходите к "mRNA and Protein(s)" и
This variant (1) encodes the longest isoform (1). It initiates from the P0 promoter. Variants 1, 2, and 3 encode the same protein (isoform 1, also known as 5a).
...
This variant (4) lacks an in-frame exon in the 5' coding region compared to variant 1. It initiates from the P0 promoter. The encoded isoform (2) is shorter than isoform 1. Variants 4, 5, and 6 encode the same protein (isoform 2).
Перевести сможете или помочь?

Несколько из 11 белков могут кодировать один и тот же составной белок Pax6/изоформу. Естественно.

Количество вариантов сплайсинга Вы же сами привели на красивой картинке. Изучите ее еще раз. А потом после изучения подумайте почему на ней никак не получается насчитать 1600 вариантов сплайсинга (подсказка - не все цис-сайты это сайты именно сплайсинга + не все возможные потенциально варианты были найдены in vitro/in vivo соответственно они не попали в таблицу).

Поскольку есть код, контролирующий 11 детерминированных вариантов. Не будь Кода Сплайсинга, применились бы все 1600 вариантов. Но Боженька запрограммировал Код Сплайсинга превосходно, именно поэтому нет хаоса.
Ученые о нём уже 7 лет как знают, а до вас только сейчас дошла информация. Воистину дарвинизм вас ограничивает, как богоподобную личность.

1. Хейди Ледфорд, «Код внутри кода», журнал Nature 465 | 06 мая, 2010.
2. Брендон Д. Фрей, «Расшифровывая код сплайсинга», журнал Nature 465 | 06 мая, 2010.
3. Д. Рамон Техедор и Хуан Валькарсел, «Регуляция генов: взлом второго генетического кода», журнал Nature 465 | 06 мая, 2010.

Ага, разумный код сгенерированный "генератором случайных чисел".

Вы не знаете функцию каждого нуклеотида. Не интерпретировали целиком ДНК, не сопоставили функцию каждого нуклеотида с функцией каждого нуклеотида. Поэтому я равнодушен к подобной аргументации.

Он должен быть разумным только если интрон остается во зрелой РНК и белок должен быть функциональным (если же такой вариант напротив должен выводить белок из строя, то опять же интрон должен содержать ахинею). +Разумны последовательности сайтов в теле интрона конечно.

Одни интроны защищают процессы транскрипции и процессинга, другие участвую в сплайсинге. Все нужны.
Обратное доказать невозможно.

[zigzag1]

Ну нет ничего проще. Генетика ответит на этот вопрос. Тащите сюда данные генетики, которые подтверждают эту "правдоподобность"

Смешно слышать от вас о генетике.Генетика молодая наука.Вы можете только ближайшее родство определить,а всё что дальше полные потёмки. Какие у вас есть данные подтверждающие что путь был обратный.Человек сразу появился в таком виде какой он сейчас.Уже найдены останки человека живущего 200 тысяч лет назад.Во вторых я уже писал что у европейцев не найдены африканские корни.

[Victor N.]

P.S.
Святой Николай II Александрович не отрекся от Христа, даже в момент, когда его и его семью пытали под сводами Ипатьевского подвала, протыкая ритуальными ножами (трехконечные такие).
От трона, да, он отрекся формально, делая всё возможное, чтобы умолить Бога не наказывать русский народ, который за него не заступился. Не отрекись Царь от трона, каждый русский человек, предавший действующего Царя, подпал бы под всенародную соборную клятву от 1613 года, и автоматически шел бы по смерти в ад.
.

Об этом подробнее, пожалуйста. Кто конкретно предал царя?

Что за клятва такая? Кто конкретно её произнес?
И какое отношение к ней имеют их потомки?
Почему они должны гореть в аду за какую-то клятву своих отцов?

И при чем здесь "каждый русский человек"?
Или подразумевается только некие предатели?
Ожидаю их список.

Если все это основано на Библии, то где вы там это прочитали?

Из Википедии:

Соборная клятва итоговый документ Земского избирательного собора, состоявшегося 21 февраля 1613 г. Санкционирует восхождение на престол шестнадцатилетнего Михаила Федоровича Романова-Юрьева (находившегося в то время вместе с матерью в Костромском Ипатьевском монастыре) и установление в России династии Романовых.

А при чем здесь весь русский народ?