Если база маленькая, таблицы небольшие, то чинить можно и в админке, и в phpMyAdmin на сервере, но для больших баз самый лучший вариант - это SSH
Логинимся в SSH и выполняем команду

mysqlcheck -u admin -p --auto-repair --check --optimize --databases [имя базы] -p`cat /etc/psa/.psa.shadow`

[имя базы] естественно меняем на реальное имя базы